Mira, te han respondido lo mejor que puede haber para solucionar, y la cosa es que los Error Pages siempre han funcionado mal. Si guardas el archivo con otro nombre que no sea estrictamente 404.shtml, los cambios "no se te guardan". La única ventaja que tiene es que aparecen unos botones que te puedne hacer más dinámico la página de error, mostrando su ip, explorador, etc... pero te recomiendo que si quieres tener una buena pagina de error, la hagas en html y la configures en el htaccess, pero como ya te digo, es una opinión. Si no aparece en cPanel puede ser debido a cambios y actualizaciones de la plataforma.