Obviamente, si está habilitado es porque puedes usarlos.
Los "Addon domains" o "Dominios adicionales", son para hostear mas de una web en tu cuenta.
Que hace el Addon domain?
Te crea una subcarpeta en tu public_html donde irá todo el contenido de la web que configures.
Cuando lo crees tendrás que poner: El dominio/subdominio que quieres, la subcarpeta en la que quieres que esté la web, y la contraseña para acceder mediante FTP.
Saludos!